Geen bewezen effectieve therapie en vanwege sporadisch voorkomen geen richtlijn voor optimale behandeling.

De volgende medicamenten zijn in case reports met succes gebruikt in verschillende combinaties; pentamidine, rifampicine, fluconazol, itraconazol, voriconazol, caspofugin, flucytosine, miltefosine, azitromycine of claritromycine, co-trimoxazol, sulfadiazine, metronidazol en albendazol. De duur van de therapie is maanden tot jaren.

Behandeling met steroïden is aanbevolen om cerebraal oedeem te voorkomen / beperken.

Bij voorkeur resectie van enkelvoudige cerebrale lesie indien mogelijk.

Balamuthia mandrillaris amoebenencefalitis (BAE) verloopt vaak fataal. De diagnose wordt meestal postmortaal gesteld.